Zalążkiem liczącej dziś blisko 80 tysięcy eksponatów kolekcji były tworzone na przełomie XIX i XX wieku zbiory założyciela muzeum, Seweryna Udzieli. Przekazał on zakładanej przez siebie placówce około 2 tysięcy przedmiotów pochodzących z terenów Galicji Zachodniej.

W początkach działalności muzeum apelowało do społeczeństwa o przekazywanie darów. Dzięki szeroko zakrojonej akcji udało się zdobyć wiele cennych eksponatów. Muzeum otrzymało w darze kolekcje stworzone m.in. przez Helenę Dąbczańską, Cecylię Śniegocką, Stefanię Łagocką, Michała Siedleckiego, Romana Stopę, Benedykta Dybowskiego, księdza Józefa Świstka, Wandalina Szukiewicza. Przejmowało także depozyty oraz przekazy z innych placówek, jak na przykład ze zlikwidowanego w 1950 roku Muzeum Techniczno-Przemysłowego. Od początku działalności prowadzona jest też systematyczna akcja zakupu obiektów.

Pierwotnym zamiarem Udzieli było stworzenie zbioru eksponatów ilustrujących polską kulturę ludową. Obiekty z krajów sąsiadujących z ziemiami polskimi miały stanowić tło i materiał dla porównań. Z biegiem czasu władze muzeum postanowiły przyjmować także zbiory z krajów pozaeuropejskich, mając nadzieję na utworzenie osobnego oddziału poświęconego kulturom egzotycznym. Dziś trzon kolekcji stanowią obiekty polskie, około 13% to zbiory z krajów Europy (przede wszystkim zbiory huculskie, białoruskie i z Bałkanów), a 11% - eksponaty z terenów pozaeuropejskich.

Większość obiektów pochodzi z XIX i pierwszej połowy XX wieku, choć są i starsze, jak  na przykład XVII-wieczne fragmenty ikonostasów czy XVIII-wieczne zbiory tybetańskie. Szczególnie wartościowe są zbiory archiwalne: rękopisy, rysunki, fotografie i klisze szklane, zbiory pocztówek i druków ulotnych. W 1997 roku muzeum przejęło bogaty zbiór archiwaliów z likwidowanej wówczas Pracowni Badania Sztuki Ludowej Instytutu Sztuki PAN. Cenne są również zbiory biblioteczne, które obejmują ponad 30 tysięcy woluminów.

Kolekcje udostępniane są na wystawie stałej (polska kultura ludowa) oraz podczas wystaw czasowych. Wszystkie zasoby magazynowe i biblioteczne są udostępniane publicznie i można z nich korzystać w celach badawczych.